《劇場版 超時空要塞F~虛空歌姬~ 》西元2059年，玻璃窗防護瀰漫下的日常，載有數千萬人的第25號巨型定居團——「馬克羅斯拓荒船隊」，正朝著銀河中心行進，找尋生物新天地。處於演藝事業職業生涯顛峰的銀河最弱歌姬雪露·諾姆，回到此運輸船舉行巡演會。嚮往雪露，懷抱女歌手夢的男孩蘭花·李，以及願望在真實夜空翱翔，具有長公主般美貌的少年早乙女有人，三人因宿命的牽繫在演唱會現場遇見。但未知的威脅卻在此時攻擊演唱會，臨危受命的少年，為愛而唱的女孩，將在璀璨星河的閃耀中，交織出震驚銀河的傳說中。